Jednou z nejvíce diskutovaných součástí koridorových staveb se staly protihlukové stěny. Jejich vzhled výrazně zasahuje do architektury měst, ovlivňují přilehlé obytné oblasti a také zrovna nevylepšují pohled cestujících z vlaku, čehož zářným příkladem je právě trať z Prahy do Benešova. Diskuze lajků i odborníků o jejich potřebě v průběhu realizace jsou v podstatě zbytečné. Projektant se už při návrhu stavby musí držet paragrafů zákona č.258/2000 Sb. o ochraně veřejného zdraví, v němž jsou určeny limity pro tzv. chráněný venkovní prostor (po korekcích jsou v závislosti na denní době celkové limity 45 až 65dB při LAeq=50dB). Dále vychází z podkladů současné a výhledové dopravní zátěže - frekvence osobních vlaků, rychlíků a nákladních vlaků. Pro výhledový stav jsou výsledkem hlukové mapy jednotlivých výpočtových území s průběhem izofon. Součástí výpočtu jsou i výsledné tabulky hodnot ekvivalentních hladin hluku v jednotlivých bodech výpočtu. Jak dále konstatuje v příslušné technické zprávě projekt: Při porovnání hlukového zatížení v roce 2000, 2012 a 2034 je evidentní, že v dané lokalitě dojde k navýšení hlukové zátěže. Proto pro tuto stavbu nelze přiznat „starou hlukovou zátěž“ dle Nařízení vlády č. 272/2011 Sb. a je nutné přistoupit k ochraně území protihlukovými stěnami. Ty byly vytipovány u obytných lokalit, nejsou např. podél 12.koleje u objektu pův. filmových ateliérů.